Hola
Pues complementando lo que ya te respondieron, puedes hacer esto
Código PHP:
$linea = 'dato1, dato2, "dato3.1,dato3.2", dato4';
$regis= explode('"', $linea);
foreach( $regis as $id=>$value ){
if($id == 1){
$value = str_replace(',',' ',$value);
}
$nuevalinea = $nuevalinea.$value;
}
$regis = explode(",", $nuevalinea);
saludos