Creo que el problema ya quedó claro que no es de PHP
Revisa las consultas, ejecutarlas solo con el cliente de base de datos no tiene por qué darte los mismos tiempos siempre, no te olvides que los motores hacen "caché" de las consultas.
Y no es solo ejecutar la consulta, depende la cantidad de información que traigas y luego la cantidad de información que debes transferir desde el servidor hasta el navegador.
PD: si por cada consulta haces un like de usuarios, habría que preguntar la cantidad de usuarios que tienes y si estás usando índices o no.
Prueba hacer explain de las consultas, como así también revisar el log de consultas lentas de MySQL para que veas lo que te reporta el sistema.
Pero en resumen, no es problema de PHP y menos de POO