Paloto... tuve en un proyecto anterior un problema similar. Y efectivamente la solución fue la numero 1. También pienso que no es muy profesional, pero hay que tener en cuenta que si hablas de check box para cada inserción, son muy pocas sentencias y no afectaría el rendimiento.
El problema se presenta mas que todo en el tratamiento desde el sistema de algo así. En aquella ocasión no se me ocurrió nada mejor. Ahora tampoco