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Antiguo 07/10/2009, 16:35
Biokari
 
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Remplazar letras de una cadena

Hola

Bueno, tengo un gran problema. Quiero programar una herramienta que trabaja secuencias nucleotidicas (biologia), es una cadena de caracteres simplemente. La secuancia es la siguiente:

ATCTTTCTTGGC

tengo que hacer la inversa, la complementaria y la inversa complementaria. O sea:

secuencia ATCTTTCTTGGC

inversa CGGTTCTTTCTA (o sea lo mismo pero leido al reves)

complementaria A-->T C-->G y vice versa, entonces en mi ejemplo es:

ATCTTTCTTGGC (ejemplo)
TAGAAAGAACCG (complementaria)


Bueno utilisé BufferedReader para leer mi secuencia (secuencia.txt) y con StringBuffer (reverse) logré hacer la inversa.

Bueno el problema es que no se como hacer la complementaria!!!, no soy buena en estas cosas, y estoy recien empezando. Si alguien me pudiese ayudar se lo agradeceria enormemente. Y si me lo puede explicar con peras y manzanas sera mejor, jejejej.

Muchas gracias de antemano

Código:
public static void main(String[] args) throws IOException {
		// TODO Auto-generated method stub
	
		
		BufferedReader textfil=new BufferedReader(new FileReader("S1.txt"));
		
		try {
			String line;
			while(textfil.ready()){
	                        line = textfil.readLine(); 
	                        
	        String ch=line;
	        StringBuffer chBuf=new StringBuffer(ch); System.out.println("Sequence  "+chBuf);
	        
	        chBuf.reverse();	System.out.println("Sequence inverse  "+chBuf);
	        	        
			}			
		}
		finally {
			textfil.close();
		}
					
	}

No esta muy bonito quizas pero funciona, jajaja, igual cualquier sugerencia será bienvenida.