El .htaccess te lo cargas, o al menos el RewriteBase, que no hace falta ya... el /carpeta1/carpeta2/ ya no tiene sentido usando los virtualhosts. Los virtualhost ya te separan las webs, con lo cual olvida el hacer directorios y subdirectorios para separarlas tú... Fíjate lo último que te dije:
Cita: Si eso funciona, lo tienes bien configurado. El problema entonces es que no estás escribiendo bien los enlaces en el código fuente, o el .htaccess lo tienes mal. En este ejemplo, para que funcione esto:
<LINK rel="stylesheet" href="/css/estilos.css" type="text/css">
El archivo debería estar en: c:\servidor\web\dominioA\css\estilos.css
Y te olvidas de los RewriteBase y demás añadidos... Supongo que ya lo sabrías pero por si acaso, es un error común
La ruta del archivo debe ser correcta. O si no es eso creo que no llegué a entenderte
Quizá te refieras al uso de la etiqueta
<base>