Me es casi imposible leer tu codigo, no esta indentado, no se donde termina o comienza un bucle y no usaste lo que te dije [ PHP][ /PHP] que le da formato al código.
Php tiene muchas funciones que te podrian ser utiles.
Código PHP:
$arreglo_notas=array( 0 =>$_POST["nota1"][$i], 1=>$_POST["nota2"][$i], 2=>$_POST[..............................);
//no necesitas ponerle un orden, php los ordena automaticamente, a menos que tu quieras un orden especifico o usar claves de tipo string
//si lo que quieres es sacar un promedio de un array podes usar dos funciones.
$promedio = array_sum($arreglo_notas) / count($arreglo_notas);
//array_sum suma los valores de un array, y count cuenta cuantos elementos tiene un array, y facil :D, en vez de:
while ($contador_notas < 20){
if ($arreglo_notas[$contador_notas]>0){
$promedio=$promedio+$arreglo_notas[$contador_notas];
$cantidad_notas++;
}
$contador_notas++;
}
if ($cantidad_notas>0){
$promedio=($promedio/$cantidad_notas);
}
//que aun no lo logro entender bien xD
http://www.php.net/manual/en/function.array-sum.php http://www.php.net/manual/en/function.count.php la proxima vez usa [ PHP][ /PHP], o pocos (o ningunos) se animaran a leer el codigo