No, el problema lo tienes en los enlaces en flash.
Cada botón en flash ha de llamar a una página en concreto.
Por ejemplo en la página de entrada al hacer click en el botón de flash, NO debe llamar a la estructura de marcos, si no a la página que quieras que aparezca cargada dentro de la de marcos. El script se encarga de redirigir a los marcos con la página en su frame correspondiente.
Un vez dentro, en la estructura de marcos, los botones de arriba están llamado de nuevo a toda la estructura de marcos, en lugar de a la sección que quieres.
¿me expliqué??
Tranquilo que lo sacarás adelante