Gracias gnzsoloyo, me resulto bien, pero tu solución es al revés, Buscando por hay encontré esto: "DISTINCT". Y Así me parece que me resulta:
Código PHP:
SELECT DISTINCT (p.id_publicacion)
FROM publicaciones p, publicacion_unidad pu
WHERE
pu.id_unidad IN (1, 2)
AND p.tipo = 'n'
ORDER BY `fecha_creacion`
Pero ahora la idea es que pueda extraer todos los datos y no solamente la id_publicacion. Gracias chicos.