Es mas facil si utilizas una etiqueta meta en lugar de utilizar el javascript al momento de recargar la pagina
te dejo este ejemplo que utilizo para la carga de archivos
Código php:
Ver originalif(copy($_FILES['archivo']['tmp_name'],$destino)){ echo "<meta http-equiv='refresh' content='2;URL=reSaveData.php?f=$destino' >";
}else{
echo "Error al subir el archivo";
}