Puedes crearte algún pequeño script que solucione el problema.
Código PHP:
<?php
$archivo = "archivo.xml";
$datos = file_get_contents($archivo);
$datos = str_replace('<?xml version="1.0" encoding="UTF-8">', '<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>', $cadena);
$pt = fopen("nuevo_".$archivo, 'w');
fwrite($pt, $datos);
fclose($pt);
//Y así con los 900.000;
?>