Cita:
Iniciado por AleSanchez 
Prueba estar seguro de que la codificación que estén usando ambos sistemas operativos sea la misma.
Apostaría que el Linux está usando UTF-8 y no es lo que usa Windows.
Para ello puedes usar
iconv
Código bash:
Ver originaliconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 iso.txt > utf.txt
Saludos.
Muchas gracias!! Con eso funciona perfectamente.
Un saludo.