Podrias cerrar los tags php, por ejemplo...
Código PHP:
<?php
//Aca va todo el codigo php de la pagina.
?>
<!-- ACA IRIA EL SCRIPT, FUERA DE LOS TAGS DE PHP -->
<?php
//Aca continua el codigo php todo normal
?>
Tambien podrias, pero mas complicado, lento e incomodo... hace un echo del script, pero de esa forma tendrias que por ejemplo si haces
echo 'ACA EL SCRIPT'; antes de cada " agregar un
\ osea:
\" en caso de que hagas
echo "ACA EL SCRIPT"; agregar la \ antes de las comillas simples
' = \'
Personalmente te recomiendo al primera forma...