Hace un tiempo vi no recuerdo dónde un script para cambiar por guiones bajos y de manera automatizada todos los espacios de los nombres de los archivos contenidos en un directorio. Te vendría bien. Siento no poder darte más detalles, creía haberlo guardado en los marcadores de Iceweasel, pero no está ahí.
Edición: Hoy es
tu día de suerte.