El kernel (la parte central y más importante de Linux) fue escrito en C++, aunque una farte está en assembler (corríjanme si me equivoco
).
Si tienes un programa escrito en c, c++, perl, lisp o algún otro lenguaje que tenga un compilador o intérprete para Linux, puedes hacerlo funcionar en Linux.
Claro que cosas como las de Turbo C++ (gotoxy y cosas de ese estilo) NO te van a funcionar en Linux, porque no se apegan al estándar. Pero te aseguro que en Linux tienes una amplia gama de lenguajes de programación para elegir.