He tenido varias experiencia con el IE6 acerca de lo que preguntas
Siempre que se utilice flotat se debe utilizar el clear both
Como he visto en el codigo css del footerl float:left; y al clear:both, no debes utilizarlo asi.
De esta otra manera a mi me funciona siempre que utilizao un float:left o right
<div id="container">
El contenido de tu web
<div id="footer"> que contiene float:left;</div>
</div>
y acontinuacion la llamada al clear:both y no debes incluirlo en el footer
<div style="clear: both"></div>
De esta forma a mi me ha funcionado el clear:both