Mira aca te dejo un link en el cual explican muy bien como correr php sobre IIS (MySql no es la gran cosa) simplemente instalar el
mysql-essential-5.1.37-win32 y quedaria por descargar tambien el/los conectores ...
mysql-connector-odbc-5.1.5-win32 y/o
mysql-connector-odbc-3.51.27-win32
Espero te sirva ...
Nota: De hecho yo lo hise asi y no tengo problema alguno, manejo MySql con Asp / php sobre IIS