Hola meteo8va:
Creo que no existen límites para usar los ficheros js, te recomiendo que pongas dentro del head los que tienen datos que sirven a toda la página, sobre todo funciones y datos de inicialización.
Y los que pongas en el body que sean locales.
Te voy a dar un ejemplo sencillo que yo suelo hacer...
Como en los exploradores que no son de microsoft, no se permite darle colores a las lineas, entonces he creado un script con una función que se llama linea, y los parámetros de color, posición y medidas...
function linea(color, ancho, alto, alineacion) {
...
}
La función devuelve una cadena que no es más que una tabla de una celda del color de fondo y especificaciones para simular la linea...
Entonces para poner una linea tengo que poner:
<script language=javascript>
document.write(linea("red", "80%", "3px", "center"));
</script>
en la parte del body donde quiero poner una linea (en vez de <hr>)
Espero no haberte confundido con el ejemplo...
Saludos