Tendrias que revizar lo que se realiza en dichas transacciones.
Una transaccion es un conjunto de instrucciones que se ejecuta como unidad, bloqueando los recursos obtenidos hasta la finalizacion de dicha transaccion.
Probablemente alguna(s) transaccion esta tardando demasiado en ejecutarse (demasiados registros, no existen los indices indicados, se realizan operaciones con ciclos en lugar de operaciones masivas, etc, etc) y las demas estan esperando la liberacion de los recursos y por ello es que parece congelado. Y si lo apagas a la mitad quedan transacciones sin completar.
Al reiniciar el sql server automaticamente restaura la base de datos a un punto seguro, cancelando las transacciones no completadas (para ello utiliza el log de sql server) para asegurar la integridad de la informacion, por ello esta tardando en responder.
Saludos!