Listo, el problema radicaba en el codepage, aquí os dejo como lo he utilizado
Código VB.NET:
Ver originalDim Test
As String = InputBox("Valor que desea encriptar",
"Encriptador").ToString Dim pe As System.Text.Encoding = System.Text.Encoding.GetEncoding(850)
Dim Bytes As Byte() = pe.GetBytes(Test)