clear:both; en IE6?...

[kseso?]

Bioxido, ie6 sí maneja la propiedad "clear".

Lo que le ocurre es que en combinación con según qué otras propiedades y ciertos valores o su ausencia, hace cosas raras (por ejemplo, ausencia de altura declara).

Ahora, si tu código está bien y no facilitas ni un enlace ni más datos, poco más podremos hacer. Si esperabas ayuda concreta en forma de código, con lo que has facilitado sólo te resta esperar por el adivino del foro.
O bien implementar uno de tantos script "mágicos" que dicen "arreglar" las deficiencias de ie6.

Pero con tu tiempo en el foro, esto ya lo sabes, supongo.

Un saludo.