bueno puedes revisar como funciona la paginacion de una base de datos ella mira la cantidad de registros que existen en la base de datos y luego la divide entre la cantidad de registros a mostrar con eso sacas cuantas paginas salen y despues le dices de donde a donde va a mostrar como lo harias con ficheros, me parece casi imposible con php pero si le echas una mezclada con javascript y css puedes hacer una emulacion de paginacion de datos que seria muy interesante, seria algo como contar cuantos ficheros hay, luego meter una cantidad a mostrar en div diferentes y por ultimo pasarle con un echo la cantidad de de paginas a mostrar al javascript o jquery como prefieras teniendo esto solo deberas mostrar el div que le sigue a cada pagina espero te sirva mi idea