Se me hace extraño lo que comentas de que mootools agrega lugares de mas, se me ocurre que uses esto:
Código:
//Alerts "0 = apple", "1 = banana", and so on:
['apple', 'banana', 'lemon'].each(function(item, index){
alert(index + " = " + item);
}); //The optional second argument for binding isn't used here.
Con la funcion each de mootools no creo que te muestre mas posiciones de las que has ingresado, puedes poner dentro de la funcion un contador para saber cuantos lugares hay y asi saber el tamaño.