Hola
Yo de PHP ni idea, pero fijate que tienes un print
print("
<script>
alert('El usuario estudiante no puede acceder a esta pagina');
window.location='index.php'; </script>
");
Así que creo que lo que ocurrirá es que se imprimirá en pantalla donde el contenido que este dentro ¿me equivoco?
Suerte