Escapa los espacios con una barra invertida. Así:
Cita: sh prueba2.sh "Video\ de\ ayer.flv" "Video\ de\ ayer.mp4"
Bueno, no sé si en ese caso las comillas son necesarias. Prueba con comillas y sin comillas.
Aunque lo mejor es que nunca uses espacios en los nombres de archivo, precisamente para evitar esto. En el trabajo se me ríen cuando uso guiones_bajos para simular espacios en los nombres de los archivos. Es una sana costumbre que ya jamás abandonaré. Es muy fácil saber qué archivos son de mi autoría, y cuáles no.