lo que hice fue enviar consulta por cada; valor; sin tocar el valor del check; y colocar el onclick antes del echo checked:
Cita: <input type='checkbox' name='independiente$i' onclick=\"if (independiente$i.checked==true) enviaQuery('divResultado','myajax.php?opcion=cambi ar_itempr&i=$i&nombre=independiente&va lor=S&tc='+document.form11.tc.value); else enviaQuery('divResultado','myajax.php?opcion=cambi ar_itempr&i=$i&nombre=independiente&va lor=N&tc='+document.form11.tc.value);\" value='".$v."'"; if ($v=='S') echo'checked'; echo "/>