Podría resolverse añadiendo un background-color: #366; a este selector:
Cita: #menu ul li a:hover ul, #menu ul li:hover ul {display: block;
position: absolute;left: 0px;padding-top: 0px!important;padding-top: 6px;background-color: #366;
}
Pero eso hará que el UL sea opaco y no transparente al ser mostrado. Qierías los botones transparentes, pero no sé si también el deplegable. Como siempre, todo depende de lo que quieres hacer exactamente.
Con todo siempre transparente, con IE es un problema, parece ser.