Deberías comenzar por corregir
los errores que marca el validador de html. Especialmente los relativos a cajas (div's) sin cerrar.
También en esos comentarios condicionales, en el segundo, lo cierras mal:
cuando el cierre debería ser:
Resumiendo, que en vez de cerrar el cc abierto, lo que haces es abrir otro que llega hasta el final del documento para ie.
Un saludo