Mmmmmmmm creo que a la hora de plantearte el proyecto han sido muy claros. Si hay que migrar datos, hay que adaptar el contenido existente al nuevo. O mejor dicho:
MIGRAR
Si es un CMS como Joomla no lo puedes tener más sencillo.
- Analizar modulos utilizados
- Migrar modulos / adaptarlos a la nueva versión
- Adaptar URL de salida via HTACCESS para que sean identicas
El único PERO que puedo llegar a verle al proyecto, es la cantidad de modulos empleados por Joomla o la viabilidad de re-programar los mismos para un uso externo del CMS. La verdad es que nunca he trabajado con ese CMS, pero no creo que diste mucho de sistemas como PHP-Nuke... por lo que la "re-programación" puede ser de fácil a chorra por momentos :)
Saludos