Es sencillo, solo tienes que evitar el hotlinking antes de hacer el procesamiento de la marca de agua. Lo de
RewriteEngine On solo hay que indicarlo una vez:
Código apache:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://(.+\.)?localhost/ [NC]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$
RewriteRule .*\.(jpe?g|gif|bmp|png)$ - [F]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f
RewriteRule \.(jpe?g|gif|bmp|png)$ watermark.php [QSA,NC]