puedes crear un archivo cron que ejecute un script con lo siguiente:
Código:
date=`date -I`
mysqldump -u root --password=TUCLAVE --all-databases > /home/mysqlbackup/mysql-$date.sql
Esto te crea un backup de todas las bases de datos y te pone el dia en el nombre del archivo que se guardaria en /home/mysqlbackup/.
salu2