Hola,
Los archivos .BAT son scripts de CMD, por lo tanto, automáticamente cualquier archivo .BAT va a abrir una ventana de CMD, porque la necesita para interpretarse.
Aunque el instalador de Java te configura el registro de Windows para abrir los archivos .JAR con un interprete un poco diferente:
"E:\Archivos de programa\Java\jre6\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*
es decir:
"E:\Archivos de programa\Java\jre6\bin\javaw.exe" -jar "C:\Temp\Aplicacion.jar"
Pero no tengo ni idea si funciona el parámetro '-splash' con esta; habría que probar ...
. Y de nuevo, si es un archivo .BAT o .CMD estos necesitan la consola para interpretarse, por lo que habría que crear un 'acceso directo' (no un archivo .BAT).
Saludos,