Si se puede hacer, siempre que sea para generar un javascript acorde del php.
como mucho podrás generar recuperando valores de variables generadas por php.
por ejemplo:
Cita: <?
$aa = $_GET['po'];
$gv = obtenerDatos('select * ...');
...
?>
<script>
function desactivafact()
{
var or = <? echo $aa; ?>;
var p = funcionX(<? echo $gv; ?>);
...
}
</script>
...sino ajax.
prueba si te sirve lo mio y me cuentas!
un saludo