muchas gracias, ya lo he resuelto, abajo podeis ver el codigo, muy simple, faltaba conocer esta funcion: transformToDoc (transforma a texto, no a XML como hacia antes)
Código HTML:
[CODE] $xslDoc = new DOMDocument();
$xslDoc->load("gml_csv2.xsl");
$xmlDoc = new DOMDocument();
$xmlDoc->load("foxboro.gpx");
$proc = new XSLTProcessor();
$proc->importStylesheet($xslDoc);
$x= trim($proc->transformToDoc($xmlDoc)->firstChild->wholeText);
$sld_path_towrite="csv/foxboros2.csv";
$fp=fopen("$sld_path_towrite","w");
$write=fwrite($fp,$x);[/CODE]