tengo la tabla vacia y me dice que tengo registros

[gjx2]

Te imprime el echo por que mysql_num_rows no te devuelve cero
Simplemente no devuelve nada.
Intenta con esto

Código PHP:

$consulta_numep="SELECT * FROM estados_pago Where num_ep=".$ep_num;  
$resultado=mysql_query($consulta_numep) or die (mysql_error());  
if (mysql_num_rows($resultado) <= 0 )  
{  
echo "
<script>history.back(alert(\"El numero de Estado de Pago ya se ha ingresado.\"));</script>";
}