El MPEG-2 es más ineficiente que el MP4, es normal que suba mucho el tamaño... o bien puedes hacer que no suba tanto pero quedará con peor calidad
(le bajas el bitrate para ello...)
Un programa que haga todo: el DVD Flick (con menús demasiado sencillotes quizá) o el TMPGEnc DVD Author 3 (más completo pero no tanto como el dvd-lab pro).