Preguntas:
- El cron que corres ahora para cambiar los permisos, ¿con qué usuario se corre?
- Para qué quieres después borrar esos archivos y cómo. (nuevamente, qué usuario corre)
Según lo veo, no es conveniente tu planteamiento. Sí, podrías correr un script con permisos para cambiar propietarios y borrar archivos de otros usuarios, pero eso apunta a problemas de seguridad.
Si estoy entendiendo bien, tu problema debería solucionarse con suphp [1], con ello los scripts deberán correrse con su propio propietario.
[1]
www.suphp.org