Si la partición está defectuosa, digamos que por sectores dañados puedes usar gddrescue para rescatar los datos "raw" y luego
testdisk para recuperar la partición. A mi me pasó lo mismo hace unos dias y ya tengo mis datos recuperados (más de 100 gigas de trabajos!!).
En el link que te di dice como hacerlo con knoppix, pero igual lo puedes hacer desde cualquier live cd.