El NameServer y el Web Server utilizan puertos diferentes por lo que pueden estar en la misma IP sin problemas. La
ventaja de usar un DNS externo es que tienes mayor redundancia sobre las zonas de tus dominios, si la maquina del webserver falla, el resto de dominios/registros que apunten a otros servidores seguiran funcionando.
Se de ZoneEdit.com que permite manejar zonas sin costo, algunos registradores de dominios te ofrecen el mismo servicio