Me es extraño leerte que has preparado el disco para instalar win2000 si para ello necesitas cambiar las particiones de FAT32 (windows 95-98-Me) a NTFS (Win NT - 2000).. por eso no te va a reconocer como BOOT. Ahora si vas a instalar win2000.... el CD es autoBOOT asi que no necesitas bootear por diskete. En caaso tal que logres instalar una máquina se puede instalar automaticamente por RED todas las demas.. por comandos... Mas info de esto ultimo no te tengo pero es cierto.
Exitos