Yo no intentaria mezclar un sistema de bases de datos serio con uno que no lo es...
Por tanto o todo en Mysql o todo en access.
Puedes hacer que los usuarios internos usen mysql con lo que tendrás que crear una aplicación web que corra en la intranet de la empresa y que use el mismo servidor mysql que la web externa... tema solucionado todo en mysql, cosa seria.
Puedes poner la base access en el servidor web y usar access
como si fuera un gestor de bases de datos... tema solucionado... o no...
Yo te recomendaria la primera solución pero te dejo un link para la segunda, tu mismo (
Ejemplo de conexión con base de datos Access en PHP)
Quim