Aque se debe cambio de atributos en los archivos?

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Saludos, la manera en que se actualiza es la siguiente:

1. Bajamos la actualización de internet proporsionada por otra institución, esta viene comprimida con winzip.
2. Se descomprime y se corre una aplicación que actualiza la aplicacion residente en un servidor.
3. Luego los usuarios mediante un metodo de actualizacion que les indica (luego de actualizar el server) que deben actualizar.

En este paso muchos no pueden lograr la actualización ya que en la actualización de una versión anterior los atributos se cambian a modificado marcado por el check box, aqui no me permite actualizar hasta que se le quite el check box a modificado.

Lo que haciamos era que revisamos equipo por equipo los atributos, pero estoy se vuelve tedioso ya que hay versiones de actualización con separacion de una semana en algunos casos y esto es muy problematico.

Mi problema es que luego de cambiarles este atributo, se actualiza, luego se le cambia el atributo a modificado.
Este proceso durante 3 meses no habia problema, en los ultimos seis meses nos ha dado este problema, no se si tenga que ver con programación, los permisos para estos archivos he verificado que sean los adecuados para qeu los usuarios no tengan problema. Espero me puedan ayudar, he intentado varias cosas pero aun sin exito.