Gracias amigos.
Estoy viendo como está montado este nuevo esquema con Vista, 2008, y W7.
La cosa va por los permisos. Parece ser que cuando se instala la aplicación, las particularidades de usuario (por llamnarlo de alguna forma) se guardan en esa estructura dentro de "Virtual Store" de forma que los usuarios no tengan por qué acceder a la carpeta "Program Files".
Gana en seguridad pero hay que ver cómo manejarlo.
Peterpay me pasó este enlace que comparto aquí, para requerir elevación de Administrador para poder instalar la aplicación:
http://community.bartdesmet.net/blog...ng-mt.exe.aspx
En parte, soluciona el problema, per esto ya será según el tipo de instalación que vayamos a realizar.
Gracias por las opiniones.
Saludos.