Tu problema es una diferencia de conjuntos. Si estás usando SQL Server 2005 y ya tienes las dos consultas que devuelven los resultados como los describes, utiliza el operador EXCEPT.
Una solución usando un LEFT JOIN podría ser más eficiente, pero no das mayores detalles sobre la estructura de tus tablas como para hacerte una sugerencia sólida.
Código:
SELECT cédula, usuario, idsemana
FROM Tabla1 as t1
LEFT JOIN Tabla2 as t2
ON t1.cédula = t2.cédula
AND t1.usuario = t2.usuario
AND t1.idsemana = t2.idsemana
WHERE t2.cédula IS NULL --Suponiendo que "cédula" no pueda ser NULL
--de lo contrario comparar contra NULL uno que no pueda serlo,
--o todos y cada uno de ellos
--AND t2.usuario IS NULL
--AND t2.idsemana IS NULL