lo que dices se llaman aplicaciones de backend y fontend., es simple, el backend lo puedes hacer en otra subcarpeta, usualmente debe tenr una ruta de acceso diferente, por ejemplo:
www.mipagina.com y el backend es:
www.mipagina.com/back
Por supuesto que deberás controlar los inicios de desion y demás, frameworks como symfony lo implementan de forma más segura.