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Iniciado por WebTech 
Justamente, en la mayoría de los servidores no se permite ingresar como root por FTP ya que es de por si un protocolo inseguro, por eso como dijeron antes, tendrás que usar SSH para editarlo, es bastante sencillo usando vim, emacs o nano.
Saludos,
Bueno no lo he probado aún pero no creo que tenga problemas porque llevo ya un tiempo usando linux y aunque uso entorno gráfico con ubuntu 9.04 también utilizo algo la consola.
Un saludo y gracias