como determinas el mensaje principal tel tema , con identificador?
suponiendo que usas el campo identificador para saber si es el mensaje principal podes hacerlo desde la misma consulta
Código PHP:
$sql = "SELECT id, email, titulo, mensaje, youtube_video, login, ";
$sql.= "DATE_FORMAT(fecha, '%d/%m/%Y %H:%i:%s') as enviado FROM foro ";
$sql.= "WHERE id='".mysql_real_escape_string($id)."' OR identificador='".mysql_real_escape_string($id)."' ORDER BY identificador ASC, fecha ASC";
esto de va a devolver primero el orden del identificador y luego el orden de las fechas