Lo más probable es que tengas un virus o troyano en tu PC, te haya robado los datos de acceso por FTP y los estén usando para modificarte esos ficheros. Hemos visto casos similares últimamente. Revisa si puedes los logs del servidor FTP.
Normalmente los accesos se producen semanas después de la infección del PC, así que es posible que ya tengas el PC limpio si tuviste algún virus hace tiempo. Por si acaso pásale un buen antivirus actualizado.
Mira también este tema:
http://www.comunidadhosting.com/asun...10396-xg8.html