si
lees el manual, te darías cuenta de que:
http://php.net/setcookie
las cookies se almacenan bajo la ruta URL actual... y puesto a que
mod_rewrite "cambia" las URL de modo de que parezcan carpetas...
he ahí el cambio de ruta, por eso debes especificar una ruta absoluta para las cookies
/, y así no tendrás problemas...
suerte!!