Tratalo de esta forma. No puedes usar ^ al principio porque estas indicandole que encuentre lo que quieres desde el principio del string, y todos ellos no estan desde el principio sino regados dentro del string
Código PHP:
Ver original<?php
$d = "
45.495433
45.500003
-45.903994
-45.829344
-46.349555
78.342393
78.343443
-78.349323
88.304994
";