1- Deberían haber sido indexadas, independientemente de si estaban o no en el sitemap si tuvieran algún enlace hacia ellas sin el nofollow o el noindex.
2- El contenido duplicado ocurre si se tienen dos páginas casi iguales, en este caso en las categorías se muestran los artículos de esa temática por lo que no sería igual que ninguna otra página del blog. Recuerda que
Google no penaliza el contenido duplicado y para evitarlo en Wordpress te recomiendo el uso de
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3- Yo utilizo el plugin
Google XML Sitemap y no he tenido queja ninguna, puedes, mediante opciones configurarlo a tu gusto